腸内環境(ちょうないかんきょう、英: gut microbiotaまたはintestinal microbiota)は、腸内に存在する微生物の生態系や生態系全体を指す用語です。この微生物コミュニティは、腸管内のさまざまな場所に存在し、腸の健康や全身の健康に重要な役割を果たします。

腸内環境には、細菌、真菌、ウイルス、およびその他の微生物が含まれており、複雑な相互作用を持っています。これらの微生物は、食物の分解、栄養素の吸収、免疫系の調節、さらには様々な生理学的プロセスに影響を与えることが知られています。

健康な腸内環境は、免疫系の調節、炎症の抑制、栄養素の吸収、体内の有害な微生物の制御などに寄与し、全身の健康に影響を与える可能性があります。腸内細菌の多様性やバランスが崩れると、様々な健康問題が引き起こされる可能性があり、これは腸内細菌の不均衡が関連することが示唆されている病気、例えば肥満、炎症性腸疾患(例: クローン病や潰瘍性大腸炎)、自己免疫疾患、アレルギーなどにつながることがあります。

したがって、腸内環境のバランスを保つことや改善することは、健康を維持し、疾患の予防に役立つ可能性があるため、健康意識の高い人々によって食事、プロバイオティクス、プレバイオティクス、およびその他の方法を通じて積極的に管理されています。